W 1981 roku uzyskał II stopień specjalizacji z zakresu chirurgii ogólnej, a w 2003 roku specjalizację w dziedzinie chirurgii naczyniowej.
Tytuł doktora nauk medycznych profesor Fryderyk Pukacki zdobył w 1984 roku, broniąc na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej w Poznaniu pracę zatytułowaną „Przyczyny, przebieg i wyniki leczenia ostrego nieurazowego niedokrwienia kończyn górnych”.
W 2004 roku na tej samej uczelni obronił rozprawę habilitacyjną „Wpływ krioprezerwacji na właściwości ściany tętniczej oraz przydatność kliniczna allograftów mrożonych w leczeniu chorych z zakażeniem protez naczyniowych”.
Profesor Fryderyk Pukacki jest autorem wielu prac z dziedziny chirurgii ogólnej i naczyniowej.